Barisan Alternatif pernah ditubuhkan secara komitmen bagi menghadapi Pilihan Raya Umum Malaysia 1999 setelah Anwar Ibrahim disingkirkan dari kerajaan kerana kes liwat pertama pada 20 September 1998. Seterusnya pada 24 Oktober, empat parti pembangkang terbesar -- Parti Islam Se-Malaysia (PAS), Parti Tindakan Rakyat (DAP), Parti Keadilan Nasional (KeADILan) dan Parti Rakyat Malaysia (PRM) -- mengumumkan perikatan pilihan raya dan mengeluarkan manifesto bersama.[3]

Ketika itu ahli-ahli BA bersetuju untuk cuma satu satu parti bertanding bagi setiap kerusi. Hasilnya banyak kerusi yang dimenangi oleh pembangkang seperti Terengganu dirampas oleh PAS dan peningkatan kerusi Parlimen. Kerusi Parlimen DAP turut bertambah namun dua pemimpinnya, Lim Kit Siang dan Karpal Singh tewas di kawasan mereka.